بدأ مفهوم الزراعة العضوية في لبنان بالإنتشار منذ بداية التسعينات نتيجة للمخاوف البيئية الناجمة عن الآثار السلبية للممارسات الزراعية التقليدية التي تهدد صحة الانسان والتي لها تأثيرات خطيرة على جميع الكائنات الحية وعلى البيئة بشكل عام.
بهدف تنظيم هذا القطاع، بادرت وزارة الزراعة إلى إعداد القانون الوطني للزراعة العضوية في العام 2005، والذي يحتاج إلى إجراءات طويلة قبل إقراره، لذلك تم إصدار قرارين وزاريين يتم العمل بهما بشكل مؤقت لحين صدور القانون.
أنشأت وزارة الزراعة عدة لجان وطنية للزراعة العضوية مؤلفة من ممثلين عن القطاعين العام والخاص واللجنة الفنية للزراعة العضوية لتنظيم ومراقبة قطاع الزراعة العضوية وتطبيق القرارين المذكورين أعلاه.
أدرجت وزارة الزراعة ضمن استراتيجيتها الوطنية للأعوام 2014- 2019 بندًا خاصًا لدعم قطاع الزراعة العضوية من خلال العمل على تحسين القدرة التنافسية للزراعة العضوية في لبنان وزيادة مساحة الأراضي العضوية (حتى 5٪ من إجمالي الإنتاج الزراعي).